Лаборатория
Название лаборатории:
Лаборатория геномики и метагеномики микроорганизмов
В лаборатории в первую очередь решаются задачи проектов, входящих в Программу и выполняемых силами коллективов исполнителей. В дальнейшем спектр участников будет существенно расширен, так как в исследованиях микробиомов заинтересованы практически все кафедры биологического факультета, относящиеся к так называемой «организменной» микробиологии.
Заведующий:
Меркель Александр Юрьевич
кандидат биологических наук
Цель работы лаборатории:
Секвенирование и геномный анализ в рамках Проекта генетических технологий
Лаборатория активно сотрудничает с ФИЦ Биотехнологии РАН
Схема работы
Объекты
Геномы чистых культур
Метагеномы микробных сообществ (природных, искусственных)
Геномы единичной клетки
Этапы
Выделение и подготовка ДНК
(предварительно полногеномная амплификация для single cell genomics)
Секвенирование
Сборка
+ иногда биннинг
(для метагеномов)
Анализ
- Структурная аннотация (gene-calling)
- Функциональная аннотация
Виды работ, выполняемых в лаборатории
Профили филогенетических маркеров (например 16S рРНК):
- Таксономический состав сообщества
- Основные метаболические процессы (можно гипотетически предсказать)
(Мета) геномное секвенирование:
- Более точная реконструкция филогении => эволюция: филогения, геномные перестановки (другие полногеномные сравнения, например, ANI, AAI, Best BLAST Hits distribution и др.)
- Основа анализа других данных (протеомика, транскриптомика)
- Поиск точечных мутаций
- Реконструкция метаболизма (здесь зачастую важна полная сборка) как у культивируемых, так и у некультивируемых микроорганизмов
Функциональный анализ: что можно узнать?
- Определение белковых доменов и предсказание их функции
- Предсказание совместного действия белков по локализации генов в геноме
- Предсказание локализации белков
- Предсказание совместного действия по регуляции экспрессии генов
- Предсказание нюансов работы данного белка (например, его ко-факторы)
- Реконструкция метаболического пути, в котором участвуют данные белки
- Расшифровка метаболизма исследуемого микроорганизма